菌种保存就是利用特殊方式让菌种处于一个和外界空气隔绝的状态。菌种保存的原理就是通过减少菌种的含水量、降低培育成功所含的营养成分。利用高温或者低温的手段降低与空气的接触，让其处于一个半休眠或者休眠的状态。减少菌种的变异几率，保持良好的遗传基因。
生活中所常见的菌种大多数是以食用为主，我们国内培育食用菌种的历史非常悠久，早在1950年左右已经开始用传统手工制作栽培蘑菇和木耳。尤其是以双孢菇为代表的菌种，菌种最基本的培育方式就是原种培育，利用小麦和一些农作物用滴水渗透的方法来制作。
目前市场上应用最广泛的菌种栽培方式主要是以培养基为主，就是将原种菌种完整的保存下来，通过分析菌种的生长环境来，建立密封的基地培育。首先需要适宜的温度和科学的培育基地，菌种在繁殖培养之前用酒精喷洒进行消毒，防止在培养初期有病虫侵害，每天记录菌种生长状态，及时发现问题，调整培养方式。
菌种包含很多的菌类，用途也是十分的广泛，最常用的菌种有食用菌类、医学菌类、农业菌类、酵母菌和霉菌等。最常用的是食用菌，平时吃的蘑菇、鲍菇都属于食用菌。菌种可以保持原来最优秀的基因，利用培养基大量培养，不管是南北方只要有优良的菌种都可以作为经济作物来发展。
医学菌类里的菌种大多数用来杀虫和治疗血液疾病以及肠胃炎症，对有毒病菌也有很好的灭杀效果。肠胃疾病、炎症感染、血液毒素垃圾过多都可以用到医学菌类。农业菌类大多是添加在化肥和其他的农作物中，灭杀有害昆虫，防止农作物根部受到昆虫的侵害。酵母菌主要是用于食物发酵，比如最常见的蒸馒头就会用到，主要功能提高是肠胃消化功能，少脂肪摄入。感兴趣的朋友还可以了解一下土菌是什么菌。
