大多数人发烧是因为免疫系统试图通过提高体温来杀死入侵的病毒，因此之前的科学家也曾一度假设蝙蝠不怕病毒，因为体温高会抑制病毒。但经过研究发现，蝙蝠之所以携带数十种病毒，却不感染自己，原因在于体温不高。体温高确实可以抑制病毒，但这并不是蝙蝠不怕病毒的关键因素。毕竟蝙蝠需要冬眠，冬眠期间，体温下降，病毒仍然可以复制繁殖，从而侵入蝙蝠的身体。因此体温高并不是蝙蝠不怕病毒的主要原因。 事实上，丝状病毒的分裂不受体温的限制。
例如埃博拉病毒，人类感染埃博拉病毒会引起炎症，最初的症状是高烧和头痛。但发烧并不能抑制埃博拉病毒，如果不及时治疗，死亡率高达 90%。体温高并不是蝙蝠能“穿毒而入”的原因，其实准确的说，并不是蝙蝠携带了几十种病毒不能感染，而是它们已经被感染了，但还能承受。 这是由于他们体内的特殊免疫系统。 人类感染病毒后，免疫系统对抗感染的第一步是炎症反应，升高体温以抑制病毒，典型表现是发烧。
尽管炎症反应在适当的时机下有助于抵抗感染；反应过度会伤害自己，即免疫系统过度活跃，进而导致人体正常组织受损，危及生命。根据《自然微生物学》杂志的一项研究，来自美国杜克大学的相关国际团队发现，蝙蝠具有抑制炎症的能力。面对RNA 病毒感染它们体内的 NLPR3 炎性体活性明显降低，而这种能力是蝙蝠独有的。
蝙蝠可以抑制自身的炎症，减少其对身体的伤害。因此科学家认为蝙蝠不具备超强的抗病毒感染能力，但对病毒感染的耐受性更强。简单地说，蝙蝠对病毒没有免疫力，它们已经被感染了。但特殊的免疫机制会削弱感染后的炎症反应，让它们能够耐受病毒造成的“伤害”。与人类不同，当面对强大的病毒时，免疫系统反应过度，导致疾病恶化。
