曾有法官表示，“看了判决书感觉不是你的儿子干的，但是这个案子只能这样了”。此前一位代理律师对马玉萍说，“你儿子自己都认了，还能说什么”。李逊律师认为此案有诸多疑点：案件被认定为强奸案，但受害者身上未提取到精液和其他身体物质;张志超前后9次询问笔录中口供不一致，供述不稳定，比如对于受害者的衣着就出现多次变化;本案证明张志超作案的物证稀缺，唯一的物证是被认为插入死者肛门的木棒，但上面却未提取受害者的相关物质和张志超指纹;此外，李逊认为张志超的作案时间和警方认定的犯罪现场均存疑。
王殿学是为张志超提供申诉服务的律师之一。他说，案件的疑点太多了。首先，侦查实验表明，张志超无法在判决书认定的时间里，完成一系列犯罪行为：“比如说根据临沂市中级人民法院当年的判决书，张志超大约在三分半的时间里，需要完成强奸、杀人、藏尸、交代同案犯不报案，同时还要跑下楼，穿过跑操的学生，去小卖部买一把锁回来把门锁上。这个我们做过实验，仅仅跑下去买锁，即便不穿过(上早操的)学生，上面没有一个人(的情况下)，这个时间也是完不成的。”
而且判决书认定张志超实施强奸行为的地点，是在一个随时有人员活动的楼道里，王殿学认为，这有违常理：“楼下那个小卖部的店主也作证。他的这个小卖部是早上七点多才开门，而判决书写的他去买锁的时间是六点二十多分，那么这个业主已经证明了，他6:20多是从来没有开过张的，店主也是不可能去卖锁的。”
在王殿学看来，还有一个非常重大的疑点是，证人证言所说的死者遇害前所穿的衣服，与案发现场所穿的衣服，完全不同：“根据死者当天早上进入学校的时候，跟她一起进入校园，并且头一天晚上住在一起的一个女生(在案发)，当天向公安做的一个笔录提到，死者穿的衣服是黄色的棉衣，白色的裤子，而在死亡现场，她(死者)穿的衣服是红色的棉衣，蓝色的裤子。那么非常明显，死者是不可能在进了学校十几分钟遇害之后，再换一身衣服的，那么这也是非常重大的一个疑点。”
