亨利·摩根23岁就当上了海盗首领，他带着自己的海盗军队抢劫了众多城市，所到之处将财宝掠尽，留下的是一座座的地狱之城，连强大的西班牙人也对他无可奈何。他在英国的非正式支持下进行活动，瓦解了西印度群岛的西班牙统治势力。1668年，摩根受命为海盗指挥官，迅速占领了古巴的普林西比港(今天的卡马圭)，并以异常的果敢行动，一举攻占和洗劫了巴拿马地峡防卫严密的城市贝卢港。
1669年，他成功的袭击了委内瑞拉沿岸马拉开波湖周围富裕的西班牙居民区。摩根最后于1670年8月率36艘船近2000名海盗，出发攻占巴拿马，1671年1月18日在穿越巴拿马地峡时击溃西班牙军队，进入该城，并将该城焚烧掠夺一空。他在归途中抛弃下属，携带大量赃物潜逃。1674年，查理二世封他为爵士，又派他为驻牙买加的副总督。他在牙买加成为富翁和受尊敬的种植园主，直到死去。
1670年1月，36艘船2000名海盗响应摩根的召唤集结起来，向巴拿马进发。西班牙人奋力抵抗，损失惨重。海盗取得了最后的胜利，他们劫掠了200万英镑。但是，此时英国已与西班牙签署了停战协议，英国占了上风，亨利·摩根因为破坏了安定团结局面而奉召回国，被打入了地牢。
国王查理二世赦免了他，并于1673年为他封爵，任命他当牙买加副总督，让他帮助政府铲除海盗。在后来的15年里，亨利·摩根忠实地执行国王的命令，一直到1688年他去世。
