号称木星之眼的大红斑每时每刻都在发生一些显著和奇特的变化，这些变化主要集中在颜色，大小和轨道方向方面。大红门的颜色一直都保持为深褐色，造成这种现象的主要原因是大红斑气流物质中具有大量的红磷化物，虽然颜色本身并没有太大的显著区别，但是大红斑的内部色彩结构都会随着风暴活动以及时间的加长而发生一系列变化。
木星大红斑在过去的几十年里不断的缩小，经过科学家的研究发现，大红斑的尺寸已经有明显的减小，最大的长度曾经达到地球直径的3倍左右，但是如减今的大红斑已经缩到地球直径的1.3倍，这种缩小的趋势甚至能够反映出木星大气层中的复杂动力学。
大红斑的运动方向一直都沿着逆时针的方向旋转，这种特性从17世纪首次被发现之后一直都没有变化，大红斑的旋转周期平均为六个地球日，这也意味着每过六天大红斑就会完成一次逆时针的旋转，从始至终这种旋转模式都没有太过明显的改变，但值得人们注意的事情是如今的木星已经出现了一股新生力量，这股力量被科学家称作为小红斑，小红斑是在2000年3月份首次发现，由三个椭圆形的小风暴合并组成，目前已经在逐步扩大。
小红斑的长度已经超过了地球直径，而且这种现象已经十分严峻，甚至会对大红斑的地位造成深远影响，在不久的将来或许会成为取代大红斑成为太阳系当中最大的风暴，木星之眼大红斑截止到目前的变化已经颇为显著，大红斑的这些变化给人类科学家研究木星大气层动力学带来了很多的意义，科学家也能通过研究这些风暴活动来掌握更多探索宇宙的线索。
